员工离职公司扣掉1000元工资合理吗？

不合理，除非因员工原因造成损失且扣除不超工资20%。依据《工资支付暂行规定》，无故克扣工资违法，可能影响员工生活及权益。
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不合理。处理方式：1.与公司协商，要求解释扣款原因并提供依据；2.若协商无果，向劳动监察大队投诉，请求介入调查；3.若问题仍未解决，申请劳动仲裁，提交相关证据，维护自身权益。
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处理方式有协商、投诉、仲裁多种。建议先与公司协商，无果后向劳动监察部门投诉，仍无法解决则申请劳动仲裁。